공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의해 협의를 거치게 되며 협의에 이르지 못한 경우 동법령에 의해 수용의 절차가 개시된다. 일부 납세자는 그 과정에 강제성이 있었기 때문에 양도소득세 신고 및 납부의 대상이 될 것이라 생각하지 않는 경우가 종종 있다. 하지만 토지를 협의로 이전하든 수용을 당하든 토지소유자는 대가를 수령하고 소유권을 이전한 것이므로 이는 양도에 해당하며 양도일이 속하는 달의 말일로부터 2개월 이내에 양도소득세 신고 및 납부의무가 있다.

다만, 매매의 강제성으로 인해 토지소유자의 재산권에 부정적 영향을 미칠 수 있는바, 공익사업용으로 양도한 토지가 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)로부터 소급해서 2년 이전에 취득한 토지라면 양도소득세와 양도소득에 대한 개인지방소득세의 일부를 감면해 주고 있다.

감면율의 경우 현금보상은 10%, 채권보상은 15%, 보상받은 3년 이상 만기채권을 만기까지 보유하기로 약정한 경우에는 30%, 5년 이상 만기 채권을 만기까지 보유하기로 약정한 경우는 40%이다. 다만, 사업인정고시가 2015년 12월 31일 전에 된 사업지역의 사업시행자에게 2017년 12월 31일까지 해당 토지를 양도한 경우는 현금보상일 경우 15%, 채권 보상일 경우 20%가 감면율이 된다.

한편, 협의보다 더욱 강제성이 짙은 수용에 감면율을 더 높게 적용할 경우 토지소유자들이 협의보다는 수용을 택하게 될 가능성이 높아지므로 원활한 공익사업 수행에 부정적 영향을 미치게 된다. 따라서 협의든 협의가 안되어 수용절차를 거치든 상기 감면율에 차별은 없다. 또한, 공익사업용 토지등에 대한 양도소득세 감면은 1년간 1억원, 농지대토감면등과 함께 5년간 2억원(감면율 10% 및 15% 적용분)의 감면한도가 적용됨은 물론 감면받은 양도소득세의 20%를 농어촌특별세로 납부해야 함을 기억해 둘 필요가 있다.