개인이 부가가치세 과세대상인 부동산(상가)을 임대하는 경우 발생하는 세금은 크게 부가가치세와 소득세로 나뉘며, 두가지 세금의 신고 및 납부는 사업자등록으로부터 시작된다.
통상적으로 건물주(임대인)는 직접 부동산 임대 사업자등록을 신청하지만 건물주가 부동산 임대 사업자등록을 신청하지 않더라도 사업자 번호가 부여되는 것을 피할 수는 없다. 왜냐하면 임차인이 사업자등록 함과동시에 임대인의 임대 내역이 노출(세무서에서 직권으로 사업자등록)되기 때문이다. 따라서 임대인은 불가피하게(?) 임대차계약서를 바탕으로 한 부가가치세 신고(상반기 및 하반기)를 해야하며, 이를 바탕으로 한해 동안의 부동산 임대소득에 대한 소득세 신고도 해야한다.
한편, 부동산 임대차계약서상 보증금과 월세 모두를 무상으로 하는 경우들이 종종 존재한다. 긍정적으로 본다면 얼마든지 그럴 수도 있다고 판단할 수 있지만 부정적으로 본다면 임대인의 부동산 임대소득을 누락하기 위한 이면 계약서로 볼 수도 있다. 특히, 특수관계자간(부모 자식간, 배우자간, 형제 자매간 등) 부동사 임대차계약서가 무상으로 작성된 경우는 더욱 그렇다. 부동산 임대용역의 무상공급은 부가가치세 및 소득세를 과세할 수 없는 것이 원칙이지만 특수관계자간 부동산 임대용역은 시가로 임대한 것으로 보아 적정 임대료(세법에서 정한 계산방식)에 대하여 부가가치세 및 소득세가 과세될 수 있다. 또한, 부동산을 무상으로 사용하는 특수관계자인 임차인의 입장에서는 부동산 무상사용에 따른 이익의 증여규정에 의해 증여재산가액에 대한 증여세 문제(부동산 소유자와 함께 거주하는 주택과 부수토지는 제외)도 발생할 수 있다.
따라서 임대인은 본인의 부동산 임대소득이 노출됨을 인지하고 해당 임대소득에 대한 정확한 부가가치세 및 소득세 신고가 필요하며, 행여나 무상으로 임대해준다고 하더라도 임차인이 특수관계자인 경우 각종 세금 문제가 발생할 수 있음을 알아둘 필요가 있다.