납세자가 세무서로부터 세무조사 사전통지를 받는 경우(통상적으로 조사개시 10일전) 보통 불쾌함보다는 두려움이 앞서기 마련이다. 하지만 제아무리 무섭게 여겨지는 세무조사라 하더라도 세무조사 개시부터 종료까지 납세자의 권리를 침해하지 않는 선에서 진행되는 것이 보통이다.

만약, 세무조사 사전 통지서상 예정된 시기에 조사를 받기 곤란한 경우(재해로 사업상 심한 어려움이 있을 때, 납세자의 질병등으로 조사를 받기 곤란할 때)라면 조사 개시 예정일 2일 전까지 조사 연기신청을 할 수 있으며, 사업장에서 조사를 받지 못하는 부득이한 사유가 있을 때는 조사 개시 예정일 2일 전까지 세무서나 조사에 적합한 장소에서 조사를 받을 수 있도록 해달라는 조사 장소 변경 신청도 할 수 있다. 뿐만 아니라 정부의 일자리 창출등 정책 기조를 고려하여 유예조건(2017년 상시근로자보다 2018년에 상시근로자를 2%(최소1명) 이상 증가시킬 계획이 있는 중소기업, 유흥주점업등 일부 업종 제외)에 해당하는 일자리 창출 중소기업은 조사 개시 3일 전까지 조사 유예 신청을 하여 조사착수 예정일로부터 2년에서 3년까지 조사를 유예받을 수 있다.

설령, 조사 착수가 되더라도 상기 조사 연기 신청과 비슷한 사유에 해당되면 조사 중지를 신청할 수도 있다. 물론, 조사 중지 기간이 경과하거나 중지 기간이 경과하기 전이라도 중지 사유가 소멸되면 조사가 재개되며 잔여 조사기간 동안 조사가 진행된다. 조사가 종료되더라도 자금압박을 받는 납세자는 고지된 국세의 납부기한 3일 전까지 징수유예신청을 함으로써 9개월 이내의 범위에서 세금 납부기한을 연장할 수 있다.

시간이 흐를수록 납세자의 권리는 더욱 그 가치를 인정받고 있다. 아무리 무서운 세무조사라 하더라도 위에서 언급한 것처럼 세무조사의 시작에서 끝에 이르기까지 납세자의 권리를 보호 받을 수 있는 각종 절차들이 있다는 것을 알고 대처할 필요가 있으며, 그 과정에서 적극적으로 도움을 주고자 하는 세무대리인에게 자문해보는 것도 좋은 방법이 될 수 있다.