세금계산서는 부가가치세 과세대상 재화(물건)나 용역(서비스)을 공급하는 자가 발급하는 거래 증빙서류이다. 세금계산서를 발급한 자는 해당 세금계산서에 기재된 부가가치세를 납부하게 되며, 세금계산서를 수취한 자는 특정한 경우를 제외하고는 동액을 납부할 부가가치세에서 공제받는다. 국세청은 세금계산서를 발급한 자와 수취한 자의 부가가치세 신고 일치 여부를 확인하여 불일치시 세금계산서를 발급한 자와 수취한 자 모두에게 소명요구를 한다.

그런데 세금계산서를 발급한 자와 수취한 자가 부가가치세 신고한 내역이 일치한다고 해도 문제가 되는 경우들이 있다. 그 중 하나가 발급 또는 수취한 세금계산서가 가공인 경우이다. 가공세금계산서는 재화나 용역의 공급 없이 발급, 수취한 세금계산서로 이를 발급한 자는 그 발급을 통하여 일정금액을 수수료로 받는 이익을 보며, 수취한 자는 부가가치세는 물론 법인세나 소득세를 줄이게 된다.

가공세금계산서가 문제되는 경우는 전자세금계산서 조기경보시스템에 감지된 경우나 가공세금계산서를 발급한 자나 수취한 자가 조사를 받는 경우 등이다. 특히, 전자세금계산서 제도가 안정적으로 자리잡으면서 개업후 1년내 폐업한 자 중에서 고액의 전자세금계산서를 발급한 자, 매입 대비 매출이 불균형한 자, 고액 전자세금계산서를 단기간에 집중발행하고 세액을 납부하지 않은자 등은 문제가 되기 쉽다.

가공세금계산서 발급, 수취가 확인되는 경우 국세청은 수취한 자에 대하여 매입세액 불공제 처분(추가로 법인세나 소득세 추징)을 한다. 그러면서도 이를 발급한 자에 대해서는 납세자가 납세의무 이행에 있어 신의를 져버린 것이라고 하여 돌려주지 않으려는 것이 보통이다. 하지만 가공거래의 경우 부가가치세 과세대상인 재화나 용역의 공급이 없어 애초부터 부가가치세 부과대상이 아니므로 국세청에 기 납부한 부가가치세를 돌려달라고 주장하는 것이 가능은 하므로 잘못된 행위로 인한 움츠림으로 인해 더 큰 손해를 보는 것은 피할 필요가 있다.