현행 국세기본법은 사단, 재단, 그 밖의 단체를 “법인 아닌 단체”로 규정하고 있으며 종중은 이에 해당한다. 법인 아닌 단체인 종중은 소득세법을 적용받아 종중 부동산 양도시 그 대표자가 양도소득세와 주민세를 본인의 주소지 관할세무서에 신고 및 납부하게 된다.

한편, 일정 요건을 갖춘 종중은 “법인으로 보는 단체”가 될 수 있다. 법인등기부등본이 있는 종중(등기가 된 종중), 등기가 되어있지 않더라도 주무관청의 허가, 인가를 받아 설립되거나, 주무관청에 등록되어 있는 종중이 그것이다. 또한, 종중이 조직의 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있고, 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유 및 관리하고, 수익을 구성원에게 분배하지 않는다면 신청 및 승인에 의해 법인으로 보는 단체가 된다. 종중을 법인으로 보는 이 모든 경우에는 개인 종중과는 달리 법인세법을 적용받아 부동산 양도시 법인세를 신고 및 납부하게 된다.

그런데 종중을 법인으로 보게 되면 부동산 양도시 독특한 결과가 도출될 수 있다. 현행 법인세법은 비영리내국법인(법인으로 보는 단체인 종중)의 소득에 대해서 법인세를 과세한다고 하면서 고정자산(부동산등)의 처분으로 인해 생기는 수입을 그 예로 열거하고 있다. 그런데 동시에 그 고정자산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령이나 정관에 규정한 고유목적사업에 직접 사용한 것이라면 처분으로 인한 수입을 과세대상에서 제외되도록 하고 있다. 따라서 종중이 양도일 현재 법인으로 보는 단체에 해당되거나 양도일 이후 법인으로 보는 단체의 승인을 받아 해당 양도로 인한 손익이 최초 사업연도에 귀속된다면, 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하였다는 점을 입증할 경우 과세소득의 범위에서 제외될 수도 있는 것이다.

결국, 종중 부동산 양도시 종중이 법인으로 보는 단체가 아니라면 양도소득세를 신고 및 납부하게 되지만, 종중이 법인으로 보는 단체가 된다면 상황에 따라 과세소득에서 제외되어 양도차익에 대한 세금을 납부하지 않게 될 수 있음을 알아둘 필요가 있다.