과세표준은 세액산출의 기준이 되는 과세물건의 가액을 의미한다. 현행 부가가치세법은 재화(물건)나 용역(서비스)의 공급에 대하여 그 공급가액을 합한 금액을 부가가치세 과세표준(세율 10%)으로 하고 있다. 한편, 마일리지 제도는 통상적으로 물품을 판매하는 사업자가 매출액의 일정 비율에 해당하는 마일리지를 적립해 주고, 향후 고객이 물품 구입시 구입대금의 전부나 일부를 이미 적립되어 있는 마일리지로 결제하는 것을 의미한다.

이러한 마일리지 제도와 관련하여 과거 국세청과 사업자들이 불꽃 튀는 다툼을 한 적이 있다. 사업자들은 카드사와 통합 멤버쉽 제휴 계약을 체결하고, 전국의 사업장에서 재화나 용역을 구입하면서 제휴카드를 제시하면 구매금액의 일정률을 포인트로 적립해주고, 이 후 고객이 사업장에서 재화나 용역을 구입하면서 대금을 결제할 때는 포인트를 대금에서 공제하기로 했다. 사업자들은 1차 적립거래와 2차 사용거래의 공급자가 동일한 부분을 가지고 2차 거래에서의 할인은 사업자의 부가가치세 과세표준에서 제외(에누리)되어야 한다고 주장하였고 결국 승리하였다.

이에 자기적립마일리지(당초 재화나 용역을 공급하고 마일리지를 적립해 준 사업자에게 사용한 마일리지) 결제분은 에누리로서 부가가치세 과세표준에서 제외될 수 있게 되었다. 또한, 여러 사업자가 적립해 줄 수 있거나 여러 사업자를 대상으로 사용할 수 있는 마일리지의 경우 고객별, 사업자별로 마일리지의 적립 및 사용실적을 구분해서 관리하는 방법으로 당초 공급자와 이후 공급자가 같다는 사실이 확인되고, 사업자가 마일리지로 결제받은 부분에 대하여 재화나 용역을 공급받은자 외의 자로부터 보전받지 않는 경우를 동시 충족하면 그 마일리지로 결제받은 경우에도 에누리로서 부가가치세 과세표준에서 제외될 수 있게 되었다.

따라서 직영사업장을 가지고 있는 법인이라면 자신이 고객에게 제공한 마일리지가 부가가치세 과세표준에서 제외될 수 있는지 여부를 따져보고 정확한 부가가치세 과세표준을 산정하여 이를 신고, 납부할 필요가 있다.